Dans ce nouvel épisode, la Room dans laquelle semble cloisonné le héros Henry Townshend tiendra un rôle majeur, puisqu'elle sera le point de départ vers les nombreux mondes parallèles, ou supposés comme tel, que le personnage principal devra parcourir. A l'issue de chaque section (dix sont annoncées), il reviendra dans cette pièce glauque, où il pourra entreposer divers objets. Naturellement, les voisins de chambre s'inquièteront du cloisonnement involontaire d'Henry, la chambre de sa porte étant fermée par des chaînes aussi imposantes qu'indestructibles. Le héros pourra néanmoins regarder par le judas pour constater leur étonnement. Si Silent Hill 3 venait comme la conlusion du premier volet, Silent Hill 4 semble lui entretenir de nombreux liens avec le second. Le propriétaire de l'hôtel South Ashfield Heights dans lequel Henry est retenu prisonnier semble être détenu par un certain Sunderland, nom du héros dans Silent Hill 2. En outre, Henry croisera une jeune femme aux dires prophétiques répondant au nom de Cynthia, dont les traits rappellent ceux de Maria. Enfin, Henry reviendra près du lac Toluca, l'un des lieux les plus "touristiques" de Silent Hill, que les joueurs avaient déjà pu découvrir dans le second opus.